Gradnja crkve započela je oko 1400. godine s dolaskom pavlina u Lepoglavu, a posvećena je 1415. godine. Crkva i samostan stradali su 1481. godine u prodoru Turaka, a ponovnu obnovu crkve pomaže hrvatski banIvaniš Korvin koji je i sahranjen ispod glavnog oltara 1504. godine.
U drugoj polovici 17. stoljeća crkva je nekoliko puta pregrađivana i dograđivana. Crkva je barokizirana gotička građevina. Unutrašnjost crkve bogata je baroknim namještajem, drvorezbarijom, baroknim oltarima i freskama Ivana Krstitelja Rangera.
Svetištem crkve dominira barokni oltar iz 18. stoljeća koji je djelo pavlina Alekseja Königera i fratra Klemensa koji je izradio tabernakul. Zidovi i svod crkve oslikani su freskama Ivana Rangera, a na koru se nalazi jedna od njegovih najljepših slika koja prikazuje prizor iz knjige Otkrivenja – janje na knjizi od 7 pečata, a klanja mu se 24 staraca odjevena u bogato ruho, koji u rukama drže harfe i kupe.
Crkva posjeduje vrlo vrijedne orgulje koje je dao izraditi Pavao Ivanović, a 1737. godine restaurirao ih je Ivan Janišek iz Celja.
Nakon ukinuća rada 1786. godine, crkva postaje župna pa na njoj više nije bilo većih građevinskih zahvata, a dio umjetnina je nakon odlaska pavlina prenesen u Beč, Budimpeštu, Varaždin i Zagreb.
Crkva je teško oštećena u potresu 1880. godine, a u Drugom svjetskom ratu zaprijetio joj je požar 1943. godine kada je u partizanskoj akciji oslobađanja zatvorenika iz zatvora zapaljeno istočno krilo samostana (tada zatvora).
Prilikom povlačenja Nijemaca 1945. godine, crkva, zapadno krilo samostana i Gostinjac su stradali u eksploziji streljiva koje su Nijemci zapalili u blizini Šumeca. U oba slučaja crkva je spašena zahvaljujući župniku Ferdinandu Krčmaru. Nakon premještanja bl. kardinala Alojzija Stepinca iz Lepoglave u Krašić, komunističke vlasti su 1952. godine zatvorile crkvu i pretvorile je u magazin. Gotovo 30 godina bila je zatvorena i prepuštena zubu vremena, da bi ipak sedamdesetih godina prošlog stoljeća prve restauratorske radove započeli službenici Restauratorskog zavoda iz Beograda.
Osamostaljenjem Hrvatske započeli su opsežni i temeljiti radovi na sanaciji crkve. Od 1990. godine crkva je ponovo otvorena za vjernike.
2001. godine Kaznionica u Lepoglavi predala je u posjed pavlinski samostan Varaždinskoj biskupiji s ciljem povezivanja crkve i samostana u jedinstven kompleks. Ključeve samostana varaždinskom biskupu msgr. Marku Culeju predao je upravitelj Kaznionice Stjepan Loparić.
Informacije:
Župni dvor – RKT župa Blažene Djevice Marije
Trg 1. hrvatskog sveučilišta 3
42250 Lepoglava
Župni dvor
Tel. +385 (0)42 792 – 566
Turistički ured grada Lepoglave
Tel. +385 (0)42 791 090
